本院以推行適切時代的神學教育為己任，故以不同的教學方式來傳遞神學知識。事實上，面對這個資訊發達、科技昌明的世界，以及人們生活模式的改變，我們已經不能單單在院校的建築物內接受教育，而需要借助不同的方式和工具來學習，以致今天處身在世界任何角落的信徒均能接受有系統的神學教育。
本院的課程的教學模式分為三種，計有：「課室實地教學模式」、「同步實時教學模式」，和「時空無間教學模式」。由於這三種教學模式的名稱是本院自創的用詞，茲將其概念分述如下：
「課室實地教學模式」
老師在本院各區辦事處中所設定的課室內進行課堂教學，可讓當地的學生親身到現場上課，與其他傳統院校類同。同時，學生在上課後便需藉網絡進行討論和提問，並可作多次課堂重溫，加深學習。還有，老師以這種模式進行課堂教學時，學生也可選擇透過互聯網同步參與課堂，又或於課後觀看課堂錄影進行學習。
「同步實時教學模式」
老師可於本院的課室以外的地方（如自己家中），在指定的上課時間進行課堂教學。這種模式的教學，學生可選擇通過互聯網同步上課，或選擇於課後觀看課堂錄影。然而，課後仍需藉網絡進行討論和提問，並可作多次課堂重溫，加深學習。
「時空無間教學模式」
老師使用之前教授該科的教學錄影，或重新預先錄製的教學錄影，作為課堂教學的模式，而學生只需通過互聯網，則不受時空的限制而隨時上課。同時，觀看課堂教學後，仍需藉網絡進行討論和提問，亦可作多次課堂重溫，加深學習。
除此之外，若在每季度所編排的課程中未有安排教授的科目，而學生因應其所修讀的課程需要而必須修讀某些過去曾經教授過的科目時，可選擇使用「多媒體課程」的方式進行學習。現時本院所有面授課程均有製錄其教學視頻，讓有這樣需要的學生透過這些教學視頻進行學習，並由原來授課的講師或本院專任教授負責指導。修讀「多媒體課程」除收看教學視頻外，學員同樣需要閱讀指定課本及於「每週討論」回應由講師提出的思考問題，並完成指定課業習作。整個修讀過程與其他科目相同，學員仍須在一個季度中完成學習內容。