學員應首先考慮修讀共同核心課程科目，此等科目提供學員神學研習的方法、目標與概論基礎。原則上學員應先選修各範圍內的基礎科目，再進入不同範圍內較深入的科目。
舉例來說，所有學員應先修神學治學法，再修讀不同範圍內的基礎科目，如新約概論；隨後再順次序研習符類福音、馬可福音等。這只是規限了研習的範圍，並不一定指提升了艱深的程度。
神學研究碩士和道學碩士學位之學員，除完成科目要求外，可選擇是否撰寫一篇字數約為二萬字的學術論文。
另外，神學學士及道學碩士，因應其未來牧養的需要，另需按章完成實習要求。
凡已完成主修神學之學士學位者，於入讀道學碩士時可申請豁免部分基礎科目學分，詳情請參閱本《課程概覽》第25 頁。
各項課程修讀方式及時限：
全時間修讀生：
| 神學文憑學員 | 一年內須修讀10科，即可完成課程。建議一季度修讀不超過3科。 |
| 神學學士學員 | 每年修讀10科及1科實習科目，四年完成學位。第一、二、四季度各修讀3科， 即合共9科。第三季度修讀1科，另1科實習科目。 |
| 基督教研究文憑學員 | 一年內須修讀10科，即可完成課程。 |
| 神學研究碩士學員 | 每年修讀10科，最快可於兩年半完成學位。第一年修讀10科，第二年修 讀10科，第三年首六個月進行論文寫作(或自選 2 科)。 |
| 道學碩士學員 | 每年修讀10科及1科實習科目，三年完成學位。第一、二、四季度各修讀3 科，即合共9科。第三季度修讀1科，另1科實習科目。 |
部分時間修讀生：
部分時間修讀生必須在指定時間內完成文憑或學位課程，各項課程完成時限如下：
| 神學文憑學員 | 必須於三年內修畢課程。 |
| 神學學士學員 | 必須於十年內修畢課程。 |
| 基督教研究文憑學員 | 必須於三年內修畢課程。 |
| 神學研究碩士學員 | 必須於六年內修畢課程。 |
| 道學碩士學員 | 必須於八年內修畢課程。 |
任何學員在上述時限內未能完成所修讀之文憑或學位，而又未向本院申請延期者，均當作放棄文憑或學位論。其已修讀之學分雖然永久保留，但學員如欲繼續完成學業，必須以書面向校務處提出申請，校務處將按其所提出的原因、已完成學科之成績、尚未完成的學分數量，並學員個人操行之評估等作為考量的基礎，作為審核其重新入學之資格。
任何學員在申請入學時獲得豁免學分者，其修讀期限將按比例作出調整，註冊部將在通知學員其豁免學分數目時一併通知。