為針對不同的需要，本院的教牧學博士課程設定兩大主修，分別為「教牧主修」和「領導主修」，讓申讀者按其背景及需要予以選擇；其對象和所需修讀的研討班如下：
教牧主修：對象主要是教會的全職侍奉人員、堂會主任牧師、長老等
- 共同核心研討班：
「華人神學與釋經」、「神學、教會與後現代社會」，及「研究企劃」
- 必修研討班：
「教會神學研究與反思」、「超越時空的敬拜學」、「廿一世紀信徒培育事工理論與實踐」，及「教牧領導與教會管理」
- 選修研討班：
「廿一世紀信徒培育事工理論與實踐」、「中國管理哲學與聖經」、「領導與靈命塑造」、「領導新思維」、「職場生命牧養」、「超時空的崇拜學」、「時代性的倫理學」、「實用性基督教教育」、「中國文化與基督教思想」、「行為組織學」、「舊約神學與教會」、「新約神學與教會」，及「宣教使命學」
領導主修：對象主要是商界基督徒領袖、機構主管、學校校長及宗教主任
- 共同核心研討班：
「華人神學與釋經」、「神學、教會與後現代社會」，及「研究企劃」
- 必修研討班：
「教會領導管理與團隊合作」、「領導與靈命塑造」、「門徒導向的領導角色」，及「職場生命牧養」
- 選修研討班：
「廿一世紀信徒培育事工理論與實踐」、「教牧領導與教會管理」、「教牧神學研究與反思」、「適時性的教會增長」、「教會歷史的反思」、「時代性的倫理學」、「行為組織學」、「實用性基督教教育」、「中國文化與基督教思想」、「超越時空的敬拜學」、「舊約神學與教會」、「新約神學與教會」，及「宣教使命學」